Μόνο με στενή πολιορκία και αποκοπή του ανεφοδιασμού ήταν δυνατόν να πέσει το κάστρο του Έπαχτου.
Για τον καλύτερο συντονισμό ο κυβερνήτης (Δ/γμα 23 .01. 1829) διορίζει πληρεξούσιο τοποτηρητή Στερεάς Ελλάδας και του Στρατοπέδου τον αδερφό του Αυγουστίνο Καποδίστρια, ο οποίος στις 10 Μαρτίου 1829 αφικνείται και ο ίδιος στη Ναύπακτο.
Τα ελληνικά στρατεύματα με εντολή του Αυγουστίνου Καποδίστρια καταφτάνουν από τις 8 Μαρτίου 1829 και πολιορκούν τα κάστρα Αντιρρίου και Ναυπάκτου από την ξηρά, ενώ ο στόλος υπό τον Ανδρέα Μιαούλη αποκλείει και τις θαλάσσιες διόδους.
Στις 13 Μαρτίου παραδίδεται το Αντίρριο ύστερα από ψευτοπόλεμο.
Στις 16 Μαρτίου ο κλοιός περί το κάστρο της Ναυπάκτου γίνεται στενότερος.
Η Α’ Χιλιαρχία, με Χιλίαρχό τον Κίτσο Τζαβέλα, η 500αρχία του Νικόλα Τζαβέλα και τα Σώματα του Β. Μαστραπά, Γιάννη Μακρυγιάννη – Κραβαρίτη καταλαμβάνουν τις θέσεις από τον Αϊ-Γιώργη, τη μεγάλη Βάρναράχη μέχρι απέναντι από την Ακρόπολη του Ίτς Καλέ.
Ο Χατζηχρήστος με ιππικό και πεζικό και το σώμα του Βέρη κλείνει την δυτική πλευρά από τη θάλασσα μέχρι το Ιτς Καλέ και ο συνταγματάρχης Πιερρής, αρχηγός του τακτικού στρατού, καταλαμβάνει τους λόφους πίσω από το κάστρο με το πυροβολικό.
Η τανάλια είχε πλέον σφίξει. Οι τούρκοι που ήταν στην μικρή Βάρναράχη υποχωρούν και εισέρχονται στο κάστρο. Ο λόφος αυτός περιέρχεται στο στα ελληνικά χέρια.
Οι αλλεπάλληλες επιθέσεις των ελληνικών στρατευμάτων δεν έφεραν αποτέλεσμα.
Οι Τούρκοι δεν μπορούν να ανεφοδιαστούν και αναγκάζονται να συνθηκολογήσουν.
Στις 8 Απριλίου ο κυβερνήτης Ιωάννης Καποδίστριας φτάνει στη Ναύπακτο.
Στις 11 Απριλίου 1829 υπογράφεται η συνθήκη και σταματούν οι εχθροπραξίες.
Στις 12 Απριλίου αποχωρεί ο κυβερνήτης.
Στις 17 προς 18 Απριλίου ο τακτικός στρατός υπό τον συνταγματάρχη Πιερρή εισέρχεται στην Ακρόπολη.
Στις 22 Απριλίου αποχωρεί ολόκληρη η τουρκική φρουρά και τα ελληνικά στρατεύματα εισέρχονται σε όλο το κάστρο.
Στις 28 Απριλίου 1829 ο Αυγουστίνος Καποδίστριας διοικητής διακηρύσσει:
«Κυματίζει τέλος πάντων η ελληνική σημαία εις την Ακρόπολιν της Ναυπάκτου και το σεμνόν του Σταυρού σημείον, μετά παρέλευση ήδη 140 ετών ανυψώθει πάλιν εις τα υψηλά ταύτα τείχη».
Τον Ιανουάριο του 1830 έγινε στην πόλη ο πρώτος εορτασμός της απελευθέρωσής της και το πρωί της ημέρας εκείνης εσήμαναν «ο ήχος των κωδώνων και ο βόμβος των πυροβόλων», με την ελληνική σημαία να κυματίζει στην Ακρόπολη της Ναυπάκτου.
